根據(jù)結(jié)構(gòu)，可以把表位分為構(gòu)象決定簇、線性決定簇及新抗原決定簇。

1、構(gòu)象決定簇

在蛋白質(zhì)分子折疊時(shí)，由線性氨基酸序列的相隔離的氨基酸殘基而形成的空間構(gòu)象，稱為構(gòu)象決定簇（conformational determinant）（圖3A）。如溶菌mei分子上的表位來自一級(jí)序列的兩個(gè)相隔離的氨基酸殘基，所以蛋白質(zhì)或者肽類抗原的抗原決定簇依賴于其一級(jí)結(jié)構(gòu)和空間結(jié)構(gòu)。

2、線性決定簇

蛋白質(zhì)抗原上的表位是由相鄰連續(xù)的或非連續(xù)的氨基酸序列形成的局部表面結(jié)構(gòu)。在共價(jià)序列的鄰近氨基酸殘基形成的表位稱為線性決定簇（linear determinant)。據(jù)估計(jì)，能與抗體形成特異性結(jié)合的線性決定簇的大小為6個(gè)氨基酸殘基左右。一般情況下，線性決定簇不能與抗體的抗原結(jié)合部位接觸，只有在其變性時(shí)被暴露。

3、新抗原決定簇

有一種在天然蛋白質(zhì)分子中不存在或不被暴露的抗原決定簇，經(jīng)過特定的蛋白酶水解后才形成或被暴露出來，這種抗原決定簇稱為新抗原決定簇（neoantigenic determinant）。